Towarzystwo Naukowe zostało powołane w 1991 r., choć jego rodowód sięga lat sześćdziesiątych, jest bowiem kontynuatorem utworzonego wówczas stowarzyszenia p.n. Ośrodek Badań Naukowych im. W. Kętrzyńskiego w Olsztynie. 14 grudnia 1990 r. Walne Zebranie Członków Towarzystwa Ośrodek Badań Naukowych (stowarzyszenie) dokonało zmian statutowych wynikłych z wydzielenia z dotychczasowej struktury wewnętrznej placówki instytutowej. Placówkę, jako jednostkę badawczo-rozwojową przejął pod swój nadzór Wojewoda Olsztyński. Utrzymała ona posiadaną od 1962 r. nazwę – Ośrodek Badań Naukowych im. W. Kętrzyńskiego. Dla odróżnienia od placówki stowarzyszenie przyjęło nazwę Towarzystwo Naukowe im. W. Kętrzyńskiego. Towarzystwo Naukowe kontynuuje działalność stowarzyszenia oraz zachowuje charakter ogólnopolski.

Decyzją Walnego Zebrania Rada Naukowa została przekształcona w 13-osobowy Zarząd, którym kieruje prezes. Od 1990 r. prezesami Towarzystwa byli: prof. dr hab. Andrzej Hopfer oraz prof. dr hab. Jerzy Suchta i obecnie prof. dr hab. Krystyna Stasiewicz.

Towarzystwo Naukowe im. W. Kętrzyńskiego prowadzi współpracę z różnymi instytucjami z kręgu nauki i kultury (m. in. z Uniwersytetem Warmińsko-Mazurskim, Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie, Muzeum Budownictwa Ludowego w Olsztynku oraz Archiwum Państwowym w Olsztynie, Wojewódzką Biblioteką Publiczną, jak również z olsztyńskim Oddziałem Polskiego Towarzystwa Historycznego i jego kołem w Mrągowie). Okazjonalnie współpracowano też z władzami kilku miast regionu, nawiązywano także kontakty z inicjatorami lokalnego życia naukowego w tych ośrodkach. Dotyczyło to m. in. Fromborka, Giżycka, Lidzbarka Warmińskiego, Mrągowa, Ostródy, Pisza i Reszla.

Najbliżej – zarówno pod względem organizacyjnym jak i merytorycznym – Towarzystwo współpracuje z Ośrodkiem Badań Naukowych im. W. Kętrzyńskiego. Współdziałanie dotyczy uzgadniania, planowania i koordynacji wszelkich zamierzeń, zadań badawczych, ich realizacji, też wydawnictw i organizacji sesji, konferencji, odczytów i posiedzeń naukowych oraz promocji książek. Nie bez znaczenia dla Towarzystwa jest też wsparcie techniczne udzielane przez OBN.

Podtrzymywana jest współpraca z Konsulatem Generalnym RP w Kaliningradzie, co pozwalało m. in. nawiązywać dalsze kontakty z kaliningradzkim środowiskiem naukowym. Kontynuowano również gromadzenie wydawnictw związanych z Obwodem Kaliningradzkim, nadal rozbudowując najbogatsze w regionie zbiory biblioteczne dotyczące tego obszaru.

Niezmiennie nadrzędnym celem Towarzystwa Naukowego im. Wojciecha Kętrzyńskiego jest propagowanie szeroko rozumianej humanistyki, w tym zwłaszcza wiedzy historycznej dotyczącej Warmii i Mazur. Za priorytetowe przyjmuje się wspieranie i rozpropagowywanie badań naukowych, szczególnie prowadzonych przez młodych naukowców.

Obecnie do Towarzystwa Naukowego im. W. Kętrzyńskiego należy 167 osób (w tym 20 członków honorowych) pochodzących ze wszystkich ośrodków naukowych w kraju.

Szczegółowe informacje na temat działalności Towarzystwa Naukowego im. Wojciecha Kętrzyńskiego można uzyskać w Biurze Towarzystwa i w corocznie wydawanym Biuletynie.

• Pomoc w uzyskiwaniu wsparcia w prowadzeniu badań naukowych. W minionych latach dzięki Towarzystwu Naukowemu kilkudziesięciu badaczy, w przeważającej mierze ludzi bardzo młodych, uzyskało wsparcie przy prowadzeniu kwerend archiwalnych i bibliotecznych. Wielokrotnie realizowane zadania służyły jako podstawy prac doktorskich, o tematyce wykraczającej poza zagadnienia związane z regionem.
• Inicjowanie, organizowanie lub współorganizowanie sesji, konferencji i pojedynczych odczytów naukowych. Tradycyjnie posiedzenia takie organizowano wspólnie z Ośrodkiem Badań Naukowych, czasem też przy współudziale innych instytucji, głównie Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego, Muzeum Budownictwa Ludowego w Olsztynku oraz Oddziału Polskiego Towarzystwa Historycznego. Szczególnego znaczenia nabrały interdyscyplinarne sesje naukowe o zasięgu ponadregionalnym, często z udziałem gości z zagranicy oraz te organizowane cyklicznie, w których chętnie brali udział także ludzie nauki spoza olsztyńskiego środowiska. Wymienić tu należy: Między Barokiem a Oświeceniem (dotąd zorganizowano 6 sesji) oraz Życie codzienne na dawnych ziemiach pruskich (w 2005 r. odbyła się 10 edycja konferencji). Materiały z tych spotkań są sukcesywnie wydawane w postaci książkowej. Od 2004 r. Towarzystwo współorganizuje cykl, pod wspólnym tytułem Olsztyńskie Spotkania Naukowe.
• Współuczestnictwo (wraz z Ośrodkiem Badań Naukowych) w wydawaniu książek, które ukazywały się głównie w serii wydawniczej: „Rozprawy i Materiały OBN” oraz „Bibliotece Olsztyńskiej”. Towarzystwo współuczestniczy też w wydawaniu kwartalnika „Komunikaty Mazursko-Warmińskie” oraz miesięcznika „Obwód Kaliningradzki”. Co roku ukazuje się „Biuletyn Towarzystwa Naukowego” (szerzej na ten temat w zakładce dot. wydawnictw OBN).