Towarzystwo Naukowe zostało powołane w 1991 r., choć jego rodowód sięga lat sześćdziesiątych, jest bowiem kontynuatorem utworzonego wówczas stowarzyszenia p.n. Ośrodek Badań Naukowych im. W. Kętrzyńskiego w Olsztynie. 14 grudnia 1990 r. Walne Zebranie Członków Towarzystwa Ośrodek Badań Naukowych (stowarzyszenie) dokonało zmian statutowych wynikłych z wydzielenia z dotychczasowej struktury wewnętrznej placówki instytutowej. Placówkę, jako jednostkę badawczo-rozwojową przejął pod swój nadzór Wojewoda Olsztyński. Utrzymała ona posiadaną od 1962 r. nazwę – Ośrodek Badań Naukowych im. W. Kętrzyńskiego. Dla odróżnienia od placówki stowarzyszenie przyjęło nazwę Towarzystwo Naukowe im. W. Kętrzyńskiego. Towarzystwo Naukowe kontynuuje działalność stowarzyszenia oraz zachowuje charakter ogólnopolski.

Decyzją Walnego Zebrania Rada Naukowa została przekształcona w 13-osobowy Zarząd, którym kieruje prezes. Od 1990 r. prezesami Towarzystwa byli: prof. dr hab. Andrzej Hopfer oraz prof. dr hab. Jerzy Suchta, prof. dr hab. Krystyna Stasiewicz i prof. dr hab. Zbigniew Puchajda.

Towarzystwo Naukowe im. W. Kętrzyńskiego prowadzi współpracę z różnymi instytucjami z kręgu nauki i kultury (m. in. z Uniwersytetem Warmińsko-Mazurskim, Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie, Muzeum Budownictwa Ludowego w Olsztynku oraz Archiwum Państwowym w Olsztynie, Wojewódzką Biblioteką Publiczną, jak również z olsztyńskim Oddziałem Polskiego Towarzystwa Historycznego i jego kołem w Mrągowie). Okazjonalnie współpracowano też z władzami kilku miast regionu, nawiązywano także kontakty z inicjatorami lokalnego życia naukowego w tych ośrodkach. Dotyczyło to m. in. Fromborka, Giżycka, Lidzbarka Warmińskiego, Mrągowa, Ostródy, Pisza i Reszla.

Najbliżej – zarówno pod względem organizacyjnym jak i merytorycznym – Towarzystwo współpracuje z Instytutem Północnym im. Wojciecha Kętrzyńskiego (dawniej Ośrodek Badań Naukowych im. W. Kętrzyńskiego). Współdziałanie dotyczy uzgadniania, planowania i koordynacji wszelkich zamierzeń, zadań badawczych, ich realizacji, też wydawnictw i organizacji sesji, konferencji, odczytów i posiedzeń naukowych oraz promocji książek. Nie bez znaczenia dla Towarzystwa jest też wsparcie techniczne udzielane przez OBN.

Podtrzymywana jest współpraca z Konsulatem Generalnym RP w Kaliningradzie, co pozwalało m. in. nawiązywać dalsze kontakty z kaliningradzkim środowiskiem naukowym. Kontynuowano również gromadzenie wydawnictw związanych z Obwodem Kaliningradzkim, nadal rozbudowując najbogatsze w regionie zbiory biblioteczne dotyczące tego obszaru.

Niezmiennie nadrzędnym celem Towarzystwa Naukowego im. Wojciecha Kętrzyńskiego jest propagowanie szeroko rozumianej humanistyki, w tym zwłaszcza wiedzy historycznej dotyczącej Warmii i Mazur. Za priorytetowe przyjmuje się wspieranie i rozpropagowywanie badań naukowych, szczególnie prowadzonych przez młodych naukowców.

Obecnie do Towarzystwa Naukowego im. W. Kętrzyńskiego należy 167 osób (w tym 20 członków honorowych) pochodzących ze wszystkich ośrodków naukowych w kraju.

Szczegółowe informacje na temat działalności Towarzystwa Naukowego im. Wojciecha Kętrzyńskiego można uzyskać w Biurze Towarzystwa i w corocznie wydawanym Biuletynie.

Numer konta bankowego Towarzystwa Naukowego 49 1240 5598 1111 0000 5025 2273